Воплощение вашей доработки можно реализовать без доп. МК , например используя свойства NE555, на трех элементах этой прекрасной микросхемы, или комбинация NE555 с микросхемой 561TM2 тоже вариант.
Если на МК по вашему варианту, вывод 4 усложняет алгоритм, хоть и будет определено что открыто, останется непонятка с определением когда закрыто.
Все же, с брелка, чем проще тем лучше.
Промежуточное положение с брелка "стоп" практически будет не востребовано.
Что остается, остается кнопка нажал открыл , нажал закрыл, и так далее - эта последовательность не изменится, далее все действия будут контролироваться уже концевыми датчиками, и настройками программы в МК ATmega8 .
Ваша задача , вам хороший повод вникнуть , как самому это сделать на МК , можно использовать пример
sxem.org/2-vse-stati/codevisionavr/71-codevisionavr?start=2 как кнопки "заставить" слушаться управления.
Сделаете на логике? или сделать вам как я описал во второй части сообщения , кнопка и два вывода (например на ATtiny13 или что там у вас в запасах).