В самой прошивке информации о FUSE нет. В проекте CVAVR можно их задавать, если планируется прошивать в CVAVR.
При записи в extreme burner для FUSE есть отдельная вкладка, но возможно, если нажать на кнопку "записать все", то запишутся и выставленные в программе FUSE. Этот момент я не проверял, всегда шью в отдельности.
Поэтому для начала зайдите на вкладку FUSE и посмотрите, что в программе по умолчанию. Затем считайте FUSE с нового МК. Сравните. С записанного, как понимаю, уже не считываются.
Кстати, я когда проверял для Вас 2313, то тоже с этим столкнулся. Для пробы включил делитель на 8 и extreme burner отказался после прошивки видеть МК. После этого уже своим программатором восстановил первоначальные… Но задача была только проверить возможность установки FUSE, поэтому дальше не копал.